이제 군사를 일으키려면 식량과 의복을 구해야 한다. 기삼연은 이용중(李容中) 전 군수를 찾아갔다. 기삼연의 뜻을 알고 있던 군수는 선뜻 900냥을 내놓았다. 큰돈이었다.

이렇게 하여 호남창의 회맹소의 깃발이 펄럭인 것은 1907년 10월 30일로 기록된다. 장성과 영광과 고창 세 곳의 분기점인 수연산의 중턱에서 오색 창연한 깃발들은 가을바람에 펄럭였고, 흰 옷의 제복을 입은 수 백 여명 백의의 전사들은 피를 마시면서 맹세했다. “왜놈들을 때려잡고, 나라를 구하자.”

그 해 1907년 6월 이준, 이상설, 이위종이 헤이그에서 열린 만국 평화 회의에서 을사조약의 불법성을 폭로하기 위해 특사로 파견되었다. 7월 이를 빌미로 일본은 고종의 양위를 강요하였고, 8월 군대를 해산하였다. 가만히 앉아서는 살 수 없는 세상이었다.

기삼연은 호남 의병이 일어선 뜻을 전국의 선비들에게 고하였다. 대한매일 신보사 독자들에게 글을 보냈다. “나라가 부숴지고 집이 망하였습니다. 누군들 자나 깨나 원통하고 울부짖으며 저 왜적에게 원수를 갚으려 하지 않겠습니까? 삼연은 동지들을 창솔하여 의병을 모아서 본 월 9일, 본 군 수연산 가운데 깃발을 세웠습니다. 승패의 수는 미리 헤아릴 수 없으며, 살고 죽는 의의는 본래 두 가지가 아니므로, 삼가 거사한 전말을 팔도에 고하나이다.”

12월 28일 성재는 발을 다쳐 더 이상 종군하지 못하게 되었다. 성재는 동료들에게 알렸다. “내가 발이 상하여 지척의 행보도 할 수 없다. 상한 발을 끌고 엉금엉금 이십 리를 왔다가는 다시 한 걸음도 전진할 수 없어 복흥 지방에 이르렀다.” 기삼연은 군사들로 하여금 각자 집에 가서 설을 지내고 정월 보름 뒤에 다시 모이기로 결정했다. 성재는 비밀리 구수촌(九水村)의 집에 머물렀다. 다음은 송사 기우만이 작성한 “호남의사열전”에서 가져온 기록이다.

정월 초하룻날 아침 음식을 먹으려는데, 적 수 십 명이 들이닥쳐 수색하였다. 기대장(奇大將)을 내놓으라면서 집주인에게 총칼을 들이댔다. 돌연 성재는 창에서 큰소리를 질렀다. “기 대장은 여기 있다. 주인이 무슨 죄냐?”

광주로 가는데, 길에서 보는 이들 중 눈물을 흘리지 않은 이가 없었다. 메고 가는 이들도 눈물을 흘리느라 잘 가지 못했다. 성재는 경무서(警務署)에 갇혔다. 의병이 사방에서 몰려온다는 풍설에 적은 놀라 겁을 먹고 장수를 총살했다.

1908년 2월 3일이었다. 기삼연의 처형 소식을 들은 광주 부중(府中) 만호(萬戶)에서는 애도를 표시하기 위해 불을 때지 않았고 부녀자들도 설이라 해서 화려한 의복을 입고 거리에 나와 놀지 않았다.